Biokémiai gyakorlat II

1 Biokémiai gyakorlat II 3 hetes gyakorlat a biokémia fő tanfolyamán WS 2010/11 Biokémiai Intézet Biozentrum Max-von-Laue-Straße Frankfurt am Main Tel .:

2 Tartalomjegyzék 1 Általános ütemezés Segítség a laboratóriumi protokoll elkészítéséhez Bioinformatika Utasítások pufferek előállításához A peptid transzporter TAP membránkészítmény Sf9 rovarsejtekből (1. A. kísérlet) A peptidek felcímkézése jódacetamidofluoreszceinnel (1B. Kísérlet) A peptid TAP-hoz való kötődési affinitásának (KD értéke) meghatározása (1C. Kísérlet) A TAP nukleotidkötésének vizsgálata (1D kísérlet) Peptid transzport vizsgálat (1E kísérlet) Az MDL nukleotidkötő doménjének funkcionális jellemzése Az MDL1-NBD túlzott expressziója E. coliban (2A kísérlet) Az MDL1-NBD vagy MDL1 (E599Q) -NB tisztítása (2B kísérlet) ATPáz aktivitás teszt (2C kísérlet) Az EQ mutáns dimerizálása (2D kísérlet) Fluoreszcencia kioltás az MDL1 (E599Q) -NBD dimerizáció sebességi állandójának meghatározásához (2E kísérlet)

4 Általános 3 A teljes BC-II gyakorlat (PEI, GSH, BC) vizsgájára és a bioanalitikai előadásra pénteken 9: 30-kor kerül sor a Biozentrum N100 épületében, 0.15 terem. Az eredményeket a Biokémiai Intézet előterében teszik közzé, és legkésőbb honlapunkon közzéteszik. A vizsga letételéhez a pontok 50% -a szükséges. Szakmai vezető Prof. Robert Tampé PD. Dr. Rupert Abele felügyelő Christoph Baldauf Dr. Katharina Ceh Irina Bangert Volker Gatterdam Gerda Gündisch Sabine Hulpke Kristin Kiosze Alexander Kleefen Noemi Labòria Tim Lin Sabine Schmidt Gerhard Spatz-Kümbel Franz Tumulka Agnes Wycisk

9 Segítség a gyakornoki protokoll elkészítéséhez 8 Példa: BEISMANN-DRIEMEYER, S. és TAMPE, R. (2004): Az antigénszállító gép TAP funkciója a sejtes immunrendszerben Angew. Chemie 116, A bibliográfia ábécé sorrendben van az első szerző szerint! (A bibliográfia elkészítéséhez a Citavi programot javasoljuk (ingyenesen az egyetem honlapján). F. Függelék Egyes esetekben egy melléklet következik, amely általában hosszabb táblázatokból áll, mérési adatokkal vagy nagyobb ábrákkal. Következtetés A protokoll megírásakor próbáljon teljes és világos lenni. Ha elolvasta a szöveget az elfogadhatóság, a felépítés és a megfogalmazás, valamint a helyesírási hibák miatt, olvassa el újra a szöveget és/vagy kérjen segítséget valakitől. Megjegyzés Ha van értelme, javasoljuk az ezen irányelvektől való eltéréseket, a kreativitást nem büntetik!

17 Bioinformatika 16 Ez az oldal rengeteg információt tartalmaz az ACE2-ről, beleértve a fehérjeszekvencia (egybetűs kódban) és a DNS-szekvencia felsorolását. Mit tud mondani az ACE2 működéséről? Milyen organizmusból klónozták? Hol jelent meg a kutatási cikk? Ne feledje, hogy van egy link a Medline-ra, amely lehetővé teszi a cikk absztraktjának megtekintését.

18 Bioinformatika 17 A szekvencia jellemzői olyan régiókat tartalmaznak, mint a "cds" (kódoló DNS-szekvenciát). Ez megmondja a DNS kódoló régióját - azt a régiót, amelyet lefordítottak, hogy megkapja a fehérje szekvenciát. Melyik helyen kezdődik és fejeződik be a kódoló szekvencia? A szekvencia bejegyzések egy része több gént is tartalmazott. Vessen egy pillantást az X csatlakozási számra (újra elvégezheti a keresést, vagy megtalálja a böngésző Vissza gombjával). Jelenítse meg ezt a sorrendet grafikus formátumban (az oldal teteje közelében található linkről). Olyan oldalt kell látnia, mint az alábbi. Fedezze fel az ezen az oldalon található linkeket, hogy megtekinthesse a régióról rendelkezésre álló egyéb információkat. A Limits és az Preview/Index menük (és a Search Fields parancsok) sokkal hasznosabbak a nukleotid- és fehérjeadatbázisok keresésekor, mint az irodalmi adatbázisoknál. Az Entrez súgó kézikönyvében megtalálhatja az összes keresési mező és kódjuk listáját, amelyeket a szekvencia adatbázisokban használ. Példa: A Limits segítségével keresse meg az összes emberi szekvenciát (az EST-k és az STS-ek kivételével), amelyek 1998 óta szerepelnek az adatbázisban:

20 Bioinformatika Hány nukleotidszekvencia (az EST kivételével) a dohány kloroplasztikus műanyagaiból van az adatbázisokban? 5. Úgy tűnik, hogy a „király” a halála után jóval elágazott a rock-and-roll DNS-szekvencia elemzésétől. Keresse meg az Elvis Aaron Presley által jelentett DNS-szekvenciák belépési számát. Kötelező olvasmány: az Entrez Entrez súgója szakasz.